Экспедиция возникла по частному почину и затем работала на единоличные средства известного своими щедрыми взносами на просветительные и благотворительные цели ленского золотопромышленника Иннокентия Михайловича Сибирякова.

Основной целью экспедиции являлись антропологические исследования, изучение экономики, общественного строя, материальной и духовной культуры народностей Якутского края. Участники экспедиции изучали быт коренного населения для выяснения причин «вымирания некоторых из них», а также выяснения взаимовлияния русского и коренного населения, главным образом в районе золотых приисков Олёкминско-Витимской системы. План исследований охватывал Якутский, Олёкминский, Верхоянский и Колымский округа.

В 1897 была напечата­на «Программа издания трудов Якутской экспедиции» В.А. Обручева. Труды должны были составить 13 томов. Издано только 6 выпусков, часть материалов была напечата­на в периодических изданиях, а часть рукописей опубликована уже после революции.