В соответствии с приказом НКВД СССР от 23 апреля 1939 г. архивные учреждения были включены в его систему. К началу 40-х гг. XX в. на хранении в Центральном государственном архиве НКВД ЯАССР находились документы 1026 учреждений, организаций и предприятий дореволюционной Якутии и Якутской АССР, в большинстве своем уже описанные и взятые на учет. В 1940-е годы архив активно комплектуется документами советских учреждений, организаций. К 1945 г. в архиве было сосредоточено 1178 фондов объемом около 400 ед.хр. В 1952 г. в составе Архивного отдела НВКД ЯАССР были созданы инспекторский отдел и публикаторская группа, в 1953 г. образован Научный совет, в 1957 г. изданы первые сборники архивных документов: «Документы о революционных событиях 1905-1907 гг. в Якутии» и «Борьба за установление и упрочение Советской власти в Якутии», положившие начало интенсивной публикаторской деятельности архива; в 1960 г. вышел первый выпуск сборника статей и документов «Якутский архив».

В начале 1960-х гг. в ЦГА ЯАССР открылись ремонто-реставрационная мастерская и лаборатория по микрофотокопированию, отдел учета и научно-справочного аппаратаВ 1974 г. состоялся переезд ЦГА ЯАССР в новое типовое здание.К 1970-80-х гг. в архиве планово велись все традиционные виды архивных работ.

На рубеже XX-XXI вв. в деятельности архива произошли существенные позитивные изменения, позволившие ему занять соответствующее место в духовном и культурном возрождении республики, реализации социальных программ. Возросла востребованность архивных документов органами государственной власти и местного самоуправления для совершенствования республиканского законодательства, разработки нормативных правовых актов в различных отраслях деятельности, решении хозяйственных и социальных задач, воспитания граждан в лучших традициях предшествующих поколений.

22 июля 1993 г. Указом Президента Республики Саха (Якутия) на базе Центрального государственного архива ЯАССР был создан Национальный архив Республики Саха (Якутия).

В 1995 г. архив был отнесен к особо ценным объектам национального культурного достояния народов РС(Я), а в 1998 г. включен в Государственный Свод особо ценных объектов республики.

В 2006 г. Национальный архив РС(Я) получил статус государственного учреждения, и в его структуру был включен филиал в г.Якутске (бывший партийный архив).

Национальный архив Республики Саха(Якутия), успешно используя накопленный опыт работы и внедряя новые, перспективные технологии, на сегодня является частью единого информационного пространства, хранителем национального исторического и культурного наследия.

В декабре 1990 года Национальный архив и Национальная библиотека Якутии подписали соглашение по передаче метаданных документов посемейных списков Всероссийской переписи населения 1926-1928 годов. Данные доступны в Электронной библиотеке НБ РС (Я) в тематической подборке «Семьи Якутии: память рода»

⠀