Начало городу Якутску положил Ленский острог, основанный на правом берегу Лены отрядом енисейских казаков во главе с сотником Петром Бекетовым в 1632 году. Он стал первым русским укреплённым пунктом на якутской земле. Через два года острог перенесли на новое место. Сделал это атаман Галкин, пришедший на смену Бекетову. В 1634 году объединённые отряды якутских князьков под предводительством Мамака, собрав до 600 якутов, напали на Ленский острог. В кровопролитном бою якуты осилили атамана Галкина, заставив его отступить к острогу, и после месячной осады пытались сжечь острог. Это якутам не удалось, и они отступили. Через два года Ленский острог вновь осадили якуты и русский отряд не только отстоял свой острог, но и захватил острожки якутских князьков. После поражения часть якутов выселилась на реку Вилюй, а часть перебралась на реки Яну и Олекму.

В 1643 году Ленский острог перенесли на левый берег, в долину Туймаада, центр поселений якутов близ озера Сайсары. Тогда же острог стал городом и был назван Якутском. Новый город представлял собой небольшую военную крепость, имел гарнизон, состоящий из нескольких десятков русских казаков, был снабжён пушками и ружьями. Будучи основным пунктом снабжения всех острожков и зимовий, Якутск сразу же занял положение экономического центра огромного края. Сюда ежегодно приезжали сотни промышленников и торговых людей на соболиный промысел и для торговли с местным населением. К середине XVII века в Якутске возникает большой базар, на котором местное население ведёт активный обмен пушнины, рыбы, мяса и сала на российские товары.

В 1678 году в Якутск приехал новый воевода Фома Бибиков. При нём и его преемниках город начинает быстро отстраиваться, крепость обносят новым частоколом, углубляют ров, пять башен на крепостным стенах огораживают полисадом.
В XVIII веке в Якутский край вошли территории на севере, востоке и юге, заселённые северными народами, что значительно раздвинуло границы края. Город Якутск утратил военное и оборонное значение, превратившись в административный и торговый центр. Вдобавок Якутск сделался местом проживания политических ссыльных. В Якутске и якутском крае отбывали ссылку декабристы А. Бестужев-Марлинский, З. Чернышёв, писатели Н. Чернышевский, В. Короленко.

До середины XIX века административно-территориальное устройство Якутска часто реорганизовывали. С 1708 года город входил в Сибирскую губернию, в 1764 году был приписан к Иркутской провинции, через 20 лет назначен областным городом Иркутского наместничества. В 1805 году Якутск низвели до уездного города, а в 1822 году вновь сделали областным городом, приписав к нему пять округов. Постепенно в городе растёт численность населения и к концу XIX века достигает семи тысяч человек. В начале XX века цифры статистики показывают, что в городе "числились 930 жилых домов, в том числе 79 якутских юрт, имелись 8 каменных и 8 деревянных православных церквей, синагога, были открыты 16 учебных заведений, областной статистический комитет с областным музеем, казённая типография, две библиотеки".