Э.К.Пекарский — российский, советский лингвист, этнограф, фольклорист польского происхождения; член-корреспондент (1927) и почётный член (1931) АН СССР. Секретарь Отделения этнографии Русского географического общества, автор трудов по этнографии якутов и эвенков, составитель фундаментального словаря якутского языка.

Родился в семье обедневших польских дворян в Игуменском уезде Минской губернии. Рано лишившись матери воспитывался в семье двоюродного деда.
Обучался в Мозырской гимназии, в 1874 году переехал учиться в Таганрог, где примкнул к революционному движению. Революционную деятельность Пекарский не оставил и в Чернигове, куда переехал в 1875 году. В августе 187 года он поступил в Харьковский ветеринарный институт; 18 декабря 1878 года за участие в народническом движении по постановлению университетского суда Пекарский был исключён из института без права поступления в высшее учебное заведение.

Накануне 1880 года в Москве Пекарский с паспортом на имя Николая Ивановича Полунина был арестован за принадлежность к партии социалистов-революционеров и хранение нелегальной литературы. 12 января 1881 года Московский военно-окружной суд приговорил Э. К. Пекарского  к пятнадцати годам каторжных работ. По распоряжению Московского губернатора «принимая во внимание молодость, легкомыслие и болезненное состояние» Пекарского, каторгу заменили ссылкой на поселение «в отдалённые места Сибири с лишением всех прав и состояния».

В Якутск прибыл 2 ноября 1881 года и был поселен в 1-м Игидейском наслеге Боотурского улуса, где прожил около 20 лет. Уже к 1887 году Пекарский собрал 7 тысяч якутских слов, через 11 лет — 20 тысяч, а к 1930 году — 25 тысяч слов.

Свой словарь Пекарский составлял в то время, когда у якутов еще не было сложившейся письменной традиции. Не существовало и общеупотребительного якутского алфавита. Остались некоторые записи исследователей-предшественников, но они не отличались полнотой, а порой и достоверностью.
 
Ему помогали в этой работе местные знатоки якутского языка: священник Д. Д. Попов, олонхосут М. Н. Андросова-Ионова (впоследствии награждённая Золотой медалью Русского географического общества за оригинальные труды и участие в создании фундаментального «Словаря якутского языка» Э. К. Пекарского), лингвист С. А. Новгородов и всемирно известные ученые академики В. В. Радлов, К. Г. Залеман, В. В. Бартольд и др. 

В июне 1895 года, по истечении 14-летнего срока обязательного пребывания в Сибири, Пекарский получил право избрания местожительства, за исключением столиц и столичных губерний. Не воспользовавшись своим правом возврата в европейскую часть России, он остался в Якутской области, где вёл научные изыскания и занимался составлением якутско-русского словаря.

В апреле 1907 г. в Петербурге вышел в свет первый выпуск «Словаря якутского языка», составленного Э.К.Пекарским. До Октябрьской революции было издано пять выпусков словаря. Издание продолжалось с 1925 г. на деньги Правительства Якутской республики.

В конце 1926 г. общественность Ленинграда и Якутии отметила окончание составления основной части «Словаря якутского языка». 29 ноября 1926 г. Э.К.Пекарский писал этнографу В.И.Иохельсону: «29 октября закончил «нескончаемый словарь» и подписал «конец».

Умер в Ленинграде. Похоронен на Смоленском лютеранском кладбище.