российский и советский лингвист, этнограф, фольклорист; член-корреспондент (1927) и почётный член (1931) АН СССР.
Секретарь Отделения этнографии Русского географического общества, автор трудов по этнографии якутов и эвенков, составитель фундаментального словаря якутского языка.
Родился в Игуменской усадьбе Минской губернии в польской дворянской семье. Учился в Черниговской классической гимназии, из 7-го класса которой в 1877 перешел в Харьковский ветеринарный институт, откуда 13 декабря 1878 был уволен
за участие в студенческих волнениях.
В последствии его отправили в ссылку на поселение в Якутскую область, с лишением всех прав и состояния. В Якутск Пекарский прибыл в 1881 и был поселен в 1-м Игидейском наслеге Ботурусского улуса (ныне Таттинский улус), где вскоре сблизился с якутами, для сношений с которыми вынужден был изучать якутский язык.
Занятие якутского языка постепенно превратилось в серьезное и глубокое изучение языка, этнографии и фольклора якутов, чему способствовали Д. Д. Попов
и товарищ по ссылке В. М. Ионов.
По ходатайству Академии наук в конце 1899 года Э. К. Пекарскому дано разрешение
поселиться в Якутске.
В 1905 году при содействии Академии наук Пекарский получил разрешение жить в Санкт-Петербурге. Он продолжал работать над якутским словарем, и в 1907 Академия наук издала 1-й (переработанный) выпуск словаря; последний, 13 выпуск, был издан в 1930 году. Этот словарь составил эпоху в тюркской лексикографии. Кроме трудов по якутской лексикографии и фольклору написал ряд работ по этнографии и археологии; всего им опубликовано более 100 работ.